Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms