Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms