Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms