Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms