Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms