Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP54Q70EL1 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms