Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms