Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
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