Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms