Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
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