Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms