Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms