Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFRSF4P43489 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TNFRSF4P43489 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms