Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SCN1BQ07699 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms