Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
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