Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms