Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ZNF540Q8NDQ6 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ZNF540Q8NDQ6 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms