Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CUX1P39880 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CUX1P39880 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CUX1P39880 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
CUX1P39880 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
CUX1P39880 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms