Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
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