Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85 ms