Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A4P53420 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A4P53420 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms