Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms