Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms