Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms