Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NPHP3Q7Z494 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms