Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SYNE3Q6ZMZ3 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms