Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms