Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms