Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms