Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL3A1P02461 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms