Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.96■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms