Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.1 ms