Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms