Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms