Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD4P09016 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms