Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.6 ms