Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms