Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
EXOSC4Q9NPD3 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms