Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS41P49754 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS41P49754 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS41P49754 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS41P49754 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS41P49754 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS41P49754 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS41P49754 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS41P49754 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS41P49754 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS41P49754 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS41P49754 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS41P49754 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS41P49754 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS41P49754 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS41P49754 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS41P49754 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS41P49754 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS41P49754 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS41P49754 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS41P49754 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS41P49754 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS41P49754 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS41P49754 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS41P49754 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS41P49754 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS41P49754 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS41P49754 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS41P49754 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS41P49754 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS41P49754 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS41P49754 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS41P49754 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS41P49754 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS41P49754 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS41P49754 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS41P49754 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS41P49754 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS41P49754 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS41P49754 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS41P49754 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS41P49754 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS41P49754 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS41P49754 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS41P49754 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS41P49754 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
VPS41P49754 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS41P49754 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS41P49754 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS41P49754 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS41P49754 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS41P49754 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS41P49754 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS41P49754 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS41P49754 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS41P49754 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS41P49754 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS41P49754 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS41P49754 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS41P49754 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS41P49754 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS41P49754 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS41P49754 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS41P49754 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS41P49754 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS41P49754 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS41P49754 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS41P49754 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS41P49754 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS41P49754 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS41P49754 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms