Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ACAP3-208ENST00000472541 1946 ntTSL 520.47■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 FN3KRP-206ENST00000574356 887 ntTSL 520.36■□□□□ 0.855e-8■■■■■ 224
SF3B1O75533 FN3KRP-204ENST00000573158 627 ntTSL 318.12■□□□□ 0.495e-8■■■■■ 224
SF3B1O75533 FN3KRP-205ENST00000574206 683 ntTSL 317.83■□□□□ 0.445e-8■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.31e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 ACAP3-211ENST00000479108 485 ntTSL 316.83■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 GALM-205ENST00000444351 834 ntTSL 516.63■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 EGLN3-208ENST00000551935 575 ntTSL 416.18■□□□□ 0.182e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 ZC3H4-205ENST00000601973 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 515.48■□□□□ 0.071e-12■■■■■ 224
SF3B1O75533 ACAP3-203ENST00000354980 582 ntTSL 515.05■□□□□ -02e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 CORO7-221ENST00000573773 934 ntTSL 315□□□□□ -0.017e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 ZC3H4-201ENST00000253048 6119 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.031e-12■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-208ENST00000520414 639 ntTSL 514.45□□□□□ -0.17e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-201ENST00000373299 3765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.131e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 FN3KRP-209ENST00000577128 515 ntTSL 513.89□□□□□ -0.195e-8■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-202ENST00000373302 3967 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.231e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 GALM-202ENST00000410063 1023 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.253e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-217ENST00000637060 3825 ntTSL 513.27□□□□□ -0.291e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-220ENST00000637521 2068 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.321e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 HDLBP-215ENST00000427487 924 ntTSL 512.91□□□□□ -0.347e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 HDLBP-234ENST00000471294 490 ntTSL 412.91□□□□□ -0.347e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-221ENST00000637953 3925 ntTSL 5 BASIC12.54□□□□□ -0.41e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-219ENST00000637464 4893 ntTSL 512.47□□□□□ -0.411e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-218ENST00000637173 4193 ntTSL 5 BASIC12.37□□□□□ -0.431e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 HDLBP-237ENST00000479169 1017 ntTSL 212.21□□□□□ -0.457e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 ZC3H4-202ENST00000594019 3259 ntTSL 211.39□□□□□ -0.591e-12■■■■■ 224
SF3B1O75533 HDLBP-228ENST00000459788 563 ntTSL 211.01□□□□□ -0.657e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 GALM-201ENST00000272252 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.653e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-215ENST00000636509 3949 ntTSL 510.72□□□□□ -0.691e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 STXBP1-209ENST00000626539 3840 ntTSL 5 BASIC10.26□□□□□ -0.771e-9■■■■■ 224
SF3B1O75533 HDLBP-225ENST00000452931 801 ntTSL 59.86□□□□□ -0.837e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-201ENST00000334667 2401 ntTSL 2 BASIC9.32□□□□□ -0.927e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 ACAP3-205ENST00000438966 265 ntTSL 38.19□□□□□ -1.12e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-211ENST00000522090 1000 ntTSL 38.05□□□□□ -1.127e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-216ENST00000523423 710 ntTSL 58□□□□□ -1.137e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-209ENST00000521229 2400 ntTSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.527e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-202ENST00000434581 2549 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.03□□□□□ -1.67e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-207ENST00000520061 659 ntTSL 34.99□□□□□ -1.617e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-205ENST00000519780 707 ntTSL 54.77□□□□□ -1.657e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-206ENST00000519784 1009 ntTSL 3 BASIC4.3□□□□□ -1.727e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 GALM-204ENST00000434934 724 ntTSL 34.27□□□□□ -1.733e-6■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-210ENST00000522030 481 ntTSL 54.2□□□□□ -1.747e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-218ENST00000617782 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.46□□□□□ -1.867e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TMEM68-214ENST00000523073 536 ntTSL 3 BASIC3.01□□□□□ -1.937e-19■■■■■ 224
SF3B1O75533 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.253e-9■■■■■ 222.9
SF3B1O75533 AC068205.2-201ENST00000532864 771 ntTSL 5 BASIC7.8□□□□□ -1.162e-6■■■■■ 222.1
SF3B1O75533 GNL3L-201ENST00000336470 2357 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.26□□□□□ -0.612e-7■■■■■ 221.9
SF3B1O75533 GNL3L-202ENST00000360845 2135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.48□□□□□ -0.732e-7■■■■■ 221.9
SF3B1O75533 MINDY4-202ENST00000409881 2488 ntTSL 214.9□□□□□ -0.021e-6■■■■■ 220.6
SF3B1O75533 ACAP2-204ENST00000439758 766 ntTSL 45.88□□□□□ -1.471e-7■■■■■ 219.7
SF3B1O75533 MAPKAPK5-209ENST00000553053 875 ntTSL 520.09■□□□□ 0.813e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.273e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 ZNF544-210ENST00000597240 555 ntTSL 513.95□□□□□ -0.183e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 MAPKAPK5-206ENST00000550735 11349 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.183e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 ZNF544-218ENST00000600775 533 ntTSL 413.39□□□□□ -0.273e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 ZNF544-205ENST00000596597 573 ntTSL 312.09□□□□□ -0.473e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 ZCCHC6-205ENST00000375960 4939 ntTSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.73e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 ZNF544-220ENST00000627781 383 ntTSL 2 BASIC10.51□□□□□ -0.733e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 TGFBR3-202ENST00000370399 4550 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.29□□□□□ -1.243e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 ZCCHC6-206ENST00000375963 5379 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.51□□□□□ -1.373e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 ZCCHC6-201ENST00000277141 5724 ntTSL 2 BASIC6.45□□□□□ -1.383e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 MAPKAPK5-205ENST00000549875 974 ntTSL 56.1□□□□□ -1.433e-6■■■■■ 219.5
SF3B1O75533 STX16-NPEPL1-202ENST00000530122 3433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 219.4
SF3B1O75533 NDRG1-213ENST00000519580 550 ntTSL 514.28□□□□□ -0.128e-7■■■■■ 219.1
SF3B1O75533 KAZN-202ENST00000376028 800 ntTSL 313.99□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 219.1
SF3B1O75533 KAZN-205ENST00000400798 3643 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 219.1
SF3B1O75533 KBTBD11-OT1-205ENST00000636175 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 518.52■□□□□ 0.567e-13■■■■■ 218.6
SF3B1O75533 TCIRG1-214ENST00000533005 1655 ntTSL 522.92■■□□□ 1.262e-10■■■■■ 218.5
SF3B1O75533 TCIRG1-205ENST00000525724 1864 ntTSL 520.48■□□□□ 0.872e-10■■■■■ 218.5
SF3B1O75533 RPL9-209ENST00000511075 1028 ntTSL 25.82□□□□□ -1.481e-7■■■■■ 218.4
SF3B1O75533 RPL9-202ENST00000437992 579 ntTSL 43.85□□□□□ -1.791e-7■■■■■ 218.4
SF3B1O75533 MXI1-207ENST00000453116 803 ntTSL 526.78■■□□□ 1.883e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TUBGCP6-205ENST00000473946 1733 ntTSL 218.08■□□□□ 0.483e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 FCHSD1-206ENST00000522126 2577 ntTSL 216.77■□□□□ 0.274e-9■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TRAPPC6B-207ENST00000557764 870 ntTSL 216.02■□□□□ 0.163e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TRAPPC6B-206ENST00000556765 664 ntTSL 314.85□□□□□ -0.033e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 CYFIP1-206ENST00000613006 544 ntTSL 414.61□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 FCHSD1-209ENST00000522783 2477 ntTSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.124e-9■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 CYFIP1-209ENST00000619037 575 ntTSL 414.11□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 CYFIP1-204ENST00000611832 582 ntTSL 213.64□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TRAPPC6B-205ENST00000555269 1000 ntTSL 1 (best)13.52□□□□□ -0.253e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TRAPPC6B-204ENST00000554018 541 ntTSL 413.07□□□□□ -0.323e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 FCHSD1-201ENST00000435817 4320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.414e-9■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TUBGCP6-207ENST00000491449 4044 ntTSL 512.27□□□□□ -0.453e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 KIF1B-213ENST00000635499 2098 ntTSL 511.69□□□□□ -0.543e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 UQCC1-212ENST00000443429 692 ntTSL 511.46□□□□□ -0.572e-9■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TRAPPC6B-202ENST00000347691 3229 ntTSL 1 (best) BASIC10.44□□□□□ -0.743e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 UQCC1-211ENST00000438533 736 ntTSL 38.95□□□□□ -0.982e-9■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TRAPPC6B-203ENST00000469361 4533 ntTSL 28.22□□□□□ -1.093e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 TRAPPC6B-201ENST00000330149 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.473e-8■■■■■ 218.3
SF3B1O75533 SLC45A4-201ENST00000024061 3546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.453e-8■■■■■ 217.9
SF3B1O75533 SLC45A4-202ENST00000517878 3470 ntTSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.483e-8■■■■■ 217.9
SF3B1O75533 SLC45A4-203ENST00000519067 7483 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.53e-8■■■■■ 217.9
SF3B1O75533 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.62e-6■■■■■ 217.1
SF3B1O75533 GAB3-201ENST00000369568 3704 ntAPPRIS ALT2 TSL 213.11□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 217.1
SF3B1O75533 GAB3-202ENST00000369575 4718 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.92e-6■■■■■ 217.1
SF3B1O75533 GAB3-206ENST00000496390 4240 ntTSL 1 (best)6.23□□□□□ -1.412e-6■■■■■ 217.1
SF3B1O75533 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.359e-7■■■■■ 216.4
SF3B1O75533 RHBDL1-203ENST00000450775 1566 ntTSL 226.52■■□□□ 1.842e-10■■■■■ 215.4
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 3823.5 ms