Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
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