Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms