Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms