Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.5 ms