Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms