Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NPHP3Q7Z494 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms