Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CUX1P39880 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
CUX1P39880 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CUX1P39880 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CUX1P39880 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CUX1P39880 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms