Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.4 ms