Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CUX1P39880 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CUX1P39880 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms