Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms